Era Reformasi

  === === Pemerintah Habibie === ===

  Presiden Habibie segera membentuk kabinet.  Salah satu tugas penting adalah untuk mendapatkan kembali dukungan dari [[International Monetary Fund]] dan komunitas negara-negara donor untuk program pemulihan ekonomi. . Dia juga membebaskan para tahanan politik dan mengurangi kontrol pada kebebasan berekspresi dan kegiatan organisasi.

  === === Pemerintah Wahid === ===

putri [[PDI Perjuangan]] pemimpin Sukarno, [[Megawati Sukarnoputri]] datang keluar sebagai pemenang dalam pemilihan parlemen dengan mendapatkan 34% suara; [[Golkar]] (partai Soeharto - selalu menjadi pemenang pemilu sebelumnya) memiliki 22%; [[Partai Persatuan Pembangunan]] pemimpin [[Hamzah Haz]] 12%; [[Partai Kebangkitan Nasional]] pemimpin [[Wahid Abdurrahman]] (Gus Dur) 10%. . Pada bulan Oktober [[1999]], Majelis dilantik sebagai presiden Abdurrahman Wahid dan Megawati sebagai wakil presiden untuk periode layanan 5 tahun. . Wahid membentuk kabinet pertamanya, [[Kabinet Persatuan Nasional]] pada awal November 1999 dan did''''reshuffle kabinetnya pada Agustus [[2000]].

 pemerintahan Presiden Wahid untuk melanjutkan proses demokratisasi dan pembangunan ekonomi dalam keadaan menantang. In addition to the economic uncertainty continues, . Di samping ketidakpastian ekonomi berlanjut, pemerintah juga menghadapi konflik antar etnis dan antar-agama, khususnya di [[Aceh]], [[Maluku]], dan [[Papua]]. In the [[West Timor]], ], masalah yang menyebabkan rakyat Timor Timur yang tidak memiliki tempat untuk hidup dan gangguan yang dilakukan oleh militan Timor Timur pro-Indonesia menimbulkan masalah kemanusiaan dan sosial yang lebih besar. Majelis yang semakin memberikan tekanan pada tantangan kebijakan Presiden Wahid, menyebabkan perdebatan politik yang luar biasa.

=== === Pemerintah Megawati === ===

, Presiden Wahid memberikan jawaban untuk laporan. On [[January 29]] [[2001]], t, ribuan demonstran menyerbu MPR dan meminta Presiden untuk mengundurkan diri atas dasar keterlibatan dalam skandal korupsi. Di bawah tekanan dari MPR untuk memperbaiki manajemen dan koordinasi dalam pemerintahan, ia melewati sebuah keputusan presiden yang memberikan kekuasaan negara sehari-hari untuk Wakil Presiden Megawati.. Megawati mengambil alih sebagai presiden segera setelah.

=== === Pemerintah Yudhoyono === ===

  Pada [[2004]], pemilu satu hari terbesar di dunia diadakan dan [[Susilo Bambang Yudhoyono]] muncul sebagai presiden baru Indonesia. . Pemerintah baru pada awal masa jabatannya telah menerima berbagai cobaan dan tantangan, seperti [gempa Hindia [Ocean in 2004 | gempa bumi besar di Aceh dan Nias]] pada Desember 2004 yang meluluh lantakkan sebagian dari Aceh dan [[gempa bumi di Sumatera Maret 2005 | lain gempa bumi di awal tahun 2005]] yang mengguncang Sumatera.
, sebuah kesepakatan bersejarah ini dicapai antara pemerintah Indonesia dengan [[Gerakan Aceh Merdeka]] yang bertujuan untuk mengakhiri konflik berkepanjangan selama 30 tahun di wilayah [[Aceh]].